Orgán ochrany poľnohospodárskeho pôdneho fondu rozhoduje v súlade s predchádzajúcim súhlasom na základe upresneného návrhu žiadateľa na odňatie poľnohospodárskej pôdy poľnohospodárskej výrobe (pri stavbách upresneného podľa projektovej dokumentácie, pri ťažbe podľa plánu otvárky, prípravy a dobývania). V rozhodnutí uvedie presné plochy pôdy trvale alebo dočasne odnímanej poľnohospodárskej výrobe, predpíše odvody (
§ 16 a nasl.) a upresní zásadné podmienky, za ktorých bol predchádzajúci súhlas udelený. Súčasne v rozhodnutí uloží povinnosť vykonať opatrenia v záujme ochrany poľnohospodárskeho pôdneho fondu, najmä vykonať na vlastný náklad skrývku kultúrnej vrstvy pôdy, jej odvoz a rozloženie na mieste hospodárneho využitia a povinnosť uskutočniť rekultiváciu podľa plánu schváleného podľa
§ 13a. V odôvodnených prípadoch môže povoliť výnimku z povinnosti vykonať skrývku. Ak strany dojednali o odstránení ekonomickej ujmy dohodu, ktorá je v súlade s právnymi predpismi, orgán ochrany poľnohospodárskeho pôdneho fondu túto dohodu svojím rozhodnutím schváli; inak rozhodne aj o povinnosti odstrániť ekonomickú ujmu a určí lehotu na jej splnenie. Rozhodnutia pri rozsiahlejšej výstavbe, prípadne ťažbe vydáva postupne pre plochy, k odňatiu ktorých podľa postupu výstavby, prípadne ťažby dochádza, aby sa odnímaná pôda až do jej použitia na nepoľnohospodárske účely využila pre poľnohospodársku výrobu.