Hranica národného parku vo východnej časti vychádza z kóty Vrchriečky (966 m) na hranici s Poľskou republikou a pokračuje juhovýchodným smerom katastrálnou hranicou Kamienka – Litmanová po chrbte ku kóte Fakľovka 934,4 m. Tu mení smer na juhozápad a lesným priesekom medzi lesnými porastami č. 310 a 312 vedie do doliny potoka Riečka k sútoku s jeho pravostranným prítokom. Týmto prítokom pokračuje prevažne západným smerom asi 800 m na poľnú cestu, ktorou ďalej vedie južným smerom na chrbát a po ňom poľnou cestou asi 50 m západným smerom po križovatku poľných ciest. Odtiaľ vedie juhojuhovýchodným smerom poľnou cestou na východný roh porastu č. 339 a ďalej pokračuje juhovýchodným smerom terénnou zníženinou k bezmennému potoku, ktorý tvorí hranicu medzi porastami č. 333 a 336. Dolinou tohto potoka pokračuje prevažne juhozápadným smerom až po sútok s bezmenným ľavostranným prítokom potoka Kamienka, ktorým pokračuje juhovýchodným smerom po most na štátnej ceste č. II/543 Kamienka – Červený Kláštor. Severným okrajom tejto cesty pokračuje západoseverozápadným smerom po začiatok intravilánu obce Veľký Lipník, pričom obchádza intravilán obce Stráňany. Ďalej pokračuje severným okrajom intravilánu Veľký Lipník k potoku Lipník, ktorým pokračuje prevažne západným smerom po jeho sútok s Lesnianskym potokom v obci Haligovce, kde mení smer a pokračuje Lesnianskym potokom proti prúdu po most na štátnej ceste č. II/543 Kamienka – Červený Kláštor. Severným okrajom tejto cesty pokračuje západoseverozápadným smerom po most cez potok Lipník v obci Červený Kláštor-kúpele a odtiaľ pokračuje ľavým okrajom potoka severozápadným smerom na okraj porastu č. 67. Odtiaľ hranica pokračuje najprv južným, potom západným a nakoniec severným smerom okrajom porastu č. 67 po hranicu katastrálnych území Lechnica – Červený Kláštor na západnom okraji uvedeného porastu. Ďalej pokračuje katastrálnou hranicou juhozápadným smerom po štátnu cestu Červený Kláštor – Lechnica. Odtiaľ vedie úpätím svahu severovýchodným smerom ku štátnej ceste v obci Červený Kláštor, kde mení smer na juhozápad a vedie k hraničnému kameňu č. 104/4 a spája sa s prúdnicou rieky Dunajec, ktorá tvorí štátnu hranicu s Poľskou republikou. Po štátnej hranici pokračuje severným, severovýchodným a východným smerom až do východiskového bodu na kóte Vrchriečky (966 m).

Územie národného parku má výmeru 3 749,6226 ha (z toho 2 054,2518 ha poľnohospodárska pôda, 1 377,1461 ha lesná pôda a 318,2247 ha ostatné plochy).

Územie ochranného pásma národného parku (ďalej len „ochranné pásmo“) je v okrese

a) Kežmarok – v katastrálnych územiach Červený Kláštor, Hágy, Havka, Jezersko, Lechnica, Lysá nad Dunajcom, Majere, Malá Franková, Matiašovce, Osturňa, Reľov, Slovenská Ves, Spišské Hanušovce, Spišská Stará Ves, Toporec, Veľká Franková, Zálesie v Zamagurí,

b) Stará Ľubovňa – v katastrálnych územiach Haligovce, Stráňany, Veľká Lesná, Veľký Lipník.

Územie ochranného pásma je vymedzené na lesníckych organizačných mapách M 1 : 25 000, z ktorých bola hranica ochranného pásma prenesená do základnej mapy Slovenskej republiky M 1 : 50 000 na tieto mapové listy:

Hranica ochranného pásma vo východnej časti sa začína na styku hranice katastrálneho územia Stráňany s cestou Kamienka – Stráňany a súčasne s hranicou územia národného parku. Pokračuje južným a juhozápadným smerom chrbtom po hranici katastrálneho územia Stráňany cez kótu Horbáľová (1010 m), ďalej cez kótu 979 m na kótu 1084 m, odkiaľ pokračuje západným smerom cez Veterný vrch na kótu 1112 m. Odtiaľ juhozápadným smerom hranicou katastrálneho územia Veľký Lipník po styk s hranicou katastrálneho územia Veľká Lesná. Ďalej pokračuje prevažne v nezmenenom smere chrbtom po hranici katastrálneho územia Veľká Lesná po chrbát s najvyššou kótou Kameniarka (935 m), tu odbočuje na juhojuhozápad a pokračuje zbiehajúcim chrbtom cez Toporecké sedlo (802 m) a protiľahlým chrbtom na kótu Javor (942 m). Tu sa opäť spája s hranicou katastrálneho územia Veľká Lesná a pokračuje chrbtom juhozápadným, južným a juhozápadným smerom cez Magurské sedlo (949 m) a cez kóty Spádik (1088 m), Smrečiny (1157 m), Bukovina (1176 m), ďalej cez Malú Poľanu po hranicu katastrálneho územia Malá Franková na Magurku (1198 m). Odtiaľ vedie chrbtom západným smerom po hranici katastrálneho územia Osturňa cez kótu 1209 m, ďalej juhozápadným a severozápadným smerom cez kóty Príslop (1215 m), Repisko (1259 m) na Kacvínsku poľanu, odtiaľ chrbtom cez kótu Črchľa (1042 m) a ďalej severným smerom chrbtom až po štátnu hranicu s Poľskou republikou. Odtiaľ pokračuje hranica ochranného pásma severoseverovýchodným smerom po štátnej hranici s Poľskou republikou až po hranicu národného parku.

Územie ochranného pásma národného parku má výmeru 22 444,l676 ha (z toho 10 63l,8095 ha poľnohospodárska pôda, 10 491,85 ha lesná pôda a 1 320,5081 ha ostatné plochy).

Prírodná rezervácia Jezerské jazero je v katastrálnom území Jezersko, okres Kežmarok, v ktorom zahŕňa časť parcely č. 315 (lesné pozemky) a parcelu č. 316 (vodná plocha). Celková výmera prírodnej rezervácie je 2,1800 ha (z toho lesné pozemky 1,7875 ha).