(1)
Každá utajovaná písomnosť, ktorá bola vyhotovená v štátnom orgáne alebo v inej právnickej osobe, alebo v ich organizačnej zložke, alebo im je doručená, eviduje sa zapísaním v protokole utajovaných písomností alebo v zbernom hárku, podľa stupňa utajenia vyplnením stĺpcov predtlače. Protokol utajovaných písomností sa používa na jeden kalendárny rok. Ak nebola v priebehu roka v protokole utajovaných písomností zaevidovaná žiadna utajovaná písomnosť, môže sa po uzatvorení na konci kalendárneho roka podľa odseku 13 používať v nasledujúcom kalendárnom roku. Protokol utajovaných písomností vedie oprávnená osoba písomne poverená vedúcim na vedenie protokolu utajovaných písomností (ďalej len „poverená osoba“); ak vedúci poverí viac osôb, poverená osoba, ktorá evidenčný úkon vykonáva, to potvrdí v protokole utajovaných písomností v stĺpci č. 8. Utajované písomnosti stupňa utajenia Prísne tajné sa evidujú v samostatnom protokole utajovaných písomností alebo v samostatnom zbernom hárku. Utajované písomnosti stupňa utajenia Tajné, Dôverné a Vyhradené možno evidovať v spoločnom protokole utajovaných písomností alebo spoločnom zbernom hárku. Stupeň utajenia utajovanej písomnosti sa v spoločnom protokole utajovaných písomností vyznačí skratkou v stĺpci č. 1; v zbernom hárku pod poradové číslo.
(2)
Doručená utajovaná písomnosť sa označuje prezentačnou pečiatkou príjemcu, v ktorej sa uvádza dátum zaevidovania, evidenčné číslo utajovanej písomnosti z príslušného protokolu utajovaných písomností, počet listov utajovanej písomnosti a počet príloh utajovanej písomnosti a za lomkou počet listov všetkých príloh.
(3)
Ak utajovanú písomnosť prevzala iná ako poverená osoba, odovzdá ju čo najskôr poverenej osobe na zaevidovanie.
(4)
Doručené utajované písomnosti označené na vnútornej obálke alebo na obale nápisom „DO VLASTNÝCH RÚK“ alebo „OTVORÍ ADRESÁT“ poverená osoba neotvára. Také písomnosti zaeviduje v protokole utajovaných písomností s uvedením údajov z vnútornej obálky a v pôvodnom neporušenom obale ju odovzdá adresátovi. Ostatné údaje potrebné na zaevidovanie do protokolu utajovaných písomností oznamuje adresát poverenej osobe bezodkladne po oboznámení sa s obsahom utajovanej písomnosti.
(5)
Ten, kto prevezme utajovanú písomnosť na vybavenie, alebo komu bolo pridelené evidenčné číslo z protokolu utajovaných písomností pri vytváraní vlastnej utajovanej písomnosti, to potvrdí podpisom v protokole utajovaných písomností v stĺpci č. 9 s uvedením dátumu a priezviska a zaeviduje utajovanú písomnosť v zápisníku oprávnenej osoby. Ten, kto utajovanú písomnosť vyhotoví, chybné alebo nadbytočné výtlačky zničí.
13) Každé ďalšie prevzatie a odovzdanie utajovanej písomnosti zaznamená v zápisníku oprávnenej osoby. To neplatí, ak sa na evidovanie vzťahujú pravidlá určené cudzou mocou na základe medzinárodnej zmluvy, ktorou je Slovenská republika viazaná.
(6)
Ku každej vlastnej utajovanej písomnosti vrátane všetkých jej výtlačkov, označenej stupňom utajenia Prísne tajné, Tajné a Dôverné, vyhotoví sa kontrolný list podľa prílohy č. 11; kontrolný list pripojí ten, kto utajovanú písomnosť vyhotovil. Kontrolný list je vedený k utajovanej písomnosti (napríklad KL k č. p. AR-D-XX/2004), nemá samostatné poradové číslo, nie je pevne spojený s utajovanou písomnosťou, ale započítava sa do počtu listov utajovanej písomnosti a zaznamenáva sa na prvej strane utajovanej písomnosti skratkou „KL“ pri počte listov za lomkou (počet listov XX/KL X). Každá oprávnená osoba, ktorá sa oboznámila s utajovanou písomnosťou označenou stupňom utajenia Prísne tajné, Tajné a Dôverné bez jej pridelenia na vybavenie, potvrdí toto oboznámenie záznamom v kontrolnom liste. Kontrolný list sa zničí v rámci vyraďovania utajovanej písomnosti.
(7)
Ku každej pevne nespojenej prílohe s utajovanou písomnosťou sa kontrolný list pripája až pri jej oddelení od utajovanej písomnosti, súčasne sa na jej prvej strane vpravo hore pripíše za skratku „KL“ počet kontrolných listov (KL/XX).
(8)
Po vyplnení všetkých riadkov kontrolného listu ďalší kontrolný list pripojí poverená osoba v štátnom orgáne alebo inej právnickej osobe, alebo ich organizačnej zložke, v ktorej je utajovaná písomnosť zaevidovaná v protokole utajovaných písomností; na prvej strane utajovanej písomnosti za skratku „KL“ pripíše počet nových pripojených kontrolných listov.
(9)
Ak sa vyhotovia alebo boli vyhotovené k tej istej veci viac ako tri utajované písomnosti, založí sa zberný hárok (príloha č. 12). Zberný hárok sa označí v ľavom hornom rohu odtlačkom úradnej pečiatky, číslom utajovanej písomnosti z protokolu utajovaných písomností, slovným označením stupňa utajenia a názvom veci. Založenie zberného hárka sa vyznačí v protokole utajovaných písomností v stĺpci č. 3 pod označenie odosielateľa skratkou „ZH“ odlišnou farbou, ako sú vedené ostatné zápisy. Zberný hárok vedie ten, kto utajovanú písomnosť vybavuje. Do zberného hárka sa zapisujú všetky utajované písomnosti vrátane tých, ktoré sú pod číslom zberného hárka zapísané v protokole utajovaných písomností. Prvá utajovaná písomnosť v zbernom hárku má číslo totožné s číslom z protokolu utajovaných písomností. Každá ďalšia utajovaná písomnosť sa označuje týmto číslom a za pomlčkou poradovým číslom zo zberného hárka, začínajúc číslom jeden. Po vybavení utajovanej písomnosti sa zberný hárok uzatvorí tak, že sa posledný zápis podčiarkne; pod čiarou sa uvedie dátum uzatvorenia, celkový počet listov vrátane počtu listov príloh, počtu listov zberného hárka, počtu kontrolných listov, lehota utajenia, meno, priezvisko a podpis toho, komu bola utajovaná písomnosť pridelená. Uzatvorenie zberného hárka schváli podpisom osoba, ktorá z titulu pracovnoprávneho postavenia zodpovedá za činnosť toho, komu bola utajovaná písomnosť pridelená na spracovanie, alebo toho, komu bolo pridelené evidenčné číslo z protokolu utajovaných písomností pri vytváraní vlastnej utajovanej písomnosti (ďalej len „nadriadený“); na súde sudca, na prokuratúre prokurátor.
(10)
Ak sú v zbernom hárku evidované utajované písomnosti označené rôznym stupňom utajenia Tajné, Dôverné a Vyhradené, zberný hárok sa označuje podľa utajovanej písomnosti označenej najvyšším stupňom utajenia.
(11)
Všetky zápisy do protokolu utajovaných písomností a zberných hárkov sa vykonávajú podľa predtlače v poradí, v akom boli utajované písomnosti doručené alebo vybavené, a to tak, aby bola zabezpečená trvalosť písma. Trvalosť písma musí byť zabezpečená aj pri zápisoch na utajovanej písomnosti.
(12)
Utajované písomnosti označené stupňom utajenia Tajné, Dôverné alebo Vyhradené, týkajúce sa rovnakej problematiky, ktoré sú v protokole utajovaných písomností zaevidované pod rôznymi evidenčnými číslami, možno uložiť v jednom spoločnom zväzku. Také uloženie utajovaných písomností sa vyznačí v stĺpci č. 13 protokolu utajovaných písomností. Na obale zväzku sa vyznačí odtlačok záhlavnej pečiatky štátneho orgánu alebo inej právnickej osoby alebo jej organizačnej zložky, stupeň utajenia červenou farbou podľa stupňa utajenia písomnosti uloženej v tomto zväzku označenej najvyšším stupňom utajenia, čísla uložených utajovaných písomností a názvy vecí. Ak sú utajované písomnosti uložené v spoločnom zväzku označené rôznymi stupňami utajenia, so zväzkom sa manipuluje ako s utajovanou písomnosťou označenou najvyšším stupňom utajenia, uloženou v tomto zväzku.
(13)
Na konci kalendárneho roka sa protokol utajovaných písomností uzatvorí tak, že sa posledný zápis podčiarkne. Pod čiarou sa uvedie záznam: „V roku ... bolo použitých celkovo ... evidenčných čísel.“ Záznam s uvedením dátumu podpíše poverená osoba a nadriadený poverenej osoby. Pod záznamom sa uvedú čísla utajovaných písomností, ktoré neboli vybavené. Ak utajovaná písomnosť nebola vybavená do 31. januára nasledujúceho roka, preeviduje sa do protokolu utajovaných písomností nového ročníka.
(14)
Preevidovanie sa vyznačí v pôvodnom protokole utajovaných písomností v stĺpcoch č. 12 a 13 textom „Preevidované na č. p.: ...“, pričom stĺpce č. 14 až 16 sa prečiarknu. V protokole utajovaných písomností, do ktorého sa utajovaná písomnosť preeviduje, v stĺpci č. 2 sa napíše dátum preevidovania a zo stĺpcov č. 3 až 9 sa odpíšu všetky zápisy z pôvodného protokolu utajovaných písomností, pričom v stĺpcoch č. 3 až 5 sa vyznačí preevidovanie textom „Preevidované z č. p.: ...“. Na utajovanej písomnosti (zbernom hárku) sa pôvodné číslo prečiarkne tak, aby zostalo čitateľné, a uvedie sa text „Preevidované na č. p.: ...“ V zbernom hárku sa posledný zápis ku dňu preevidovania podčiarkne a v zápisoch sa pokračuje nasledujúcim evidenčným číslom. Pri preevidovaní utajovanej písomnosti poverená osoba prekontroluje jej úplnosť a potvrdí ju záznamom na prvej strane utajovanej písomnosti zápisom: „Písomnosť úplná – dátum a podpis“.
(15)
Vedenie protokolu utajovaných písomností a nevybavené utajované písomnosti sa kontrolujú najmenej raz za tri mesiace. O kontrole a zistených nedostatkoch sa uvedie pod predtlačou strany v protokole utajovaných písomností záznam s dátumom, potvrdený podpisom.
(16)
Z protokolu utajovaných písomností vedených pomocou technických prostriedkov sa ďalšie evidenčné čísla utajovaných písomností prestanú prideľovať v posledný pracovný deň končiaceho kalendárneho roka. Protokol utajovaných písomností vedený pomocou technických prostriedkov sa vyhotoví vo forme listinného dokumentu najneskôr do 31. januára nasledujúceho kalendárneho roka. Protokol utajovaných písomností vo forme listinného dokumentu sa vyhotoví aj pri zmene poverenej osoby. Protokol utajovaných písomností, ktorý je vyhotovený vo forme listinného dokumentu, dodatočne sa zaeviduje ako administratívna pomôcka.