Hlavného kontrolóra volí a odvoláva zastupiteľstvo. Hlavný kontrolór je zamestnancom samosprávneho kraja a ak tento zákon neustanovuje inak, vzťahujú sa na neho všetky povinnosti ostatného vedúceho zamestnanca podľa osobitného predpisu.
18a) Hlavný kontrolór nesmie podnikať alebo vykonávať inú zárobkovú činnosť a byť členom riadiacich, kontrolných alebo dozorných orgánov právnických osôb, ktoré vykonávajú podnikateľskú činnosť. Toto obmedzenie sa nevzťahuje na vedeckú činnosť, pedagogickú činnosť, lektorskú činnosť, prednášateľskú činnosť, prekladateľskú činnosť, publicistickú činnosť, literárnu alebo umeleckú činnosť a na správu vlastného majetku alebo správu majetku svojich maloletých detí. Kontrolnú činnosť vykonáva nezávisle a nestranne a neprihliada na príkazy, ktoré sú v rozpore so základnými pravidlami kontrolnej činnosti.
18b) Počas výkonu funkcie nemôže byť členom politickej strany alebo hnutia. Túto skutočnosť doloží čestným vyhlásením v deň podpisu pracovnej zmluvy.